Las funciones del Ministerio Público en el proceso penal: En materia penal, las funciones que se le atribuyen al Ministerio Público, están previstas en el Código Judicial, libro III del procedimiento penal y se basan, a su vez, de acuerdo a lo previsto en el numeral 4 del artículo 217 de la Constitución.

En la fase sumarial una de las que componen el proceso penal, a los agentes que componen e integran esta institución, le corresponde la confección del sumario, constituyéndose, por mandato de la Ley, como funcionarios de instrucción. Así queda establecido en el artículo 1975 del citado texto legal, cuando dispone:
"Artículo 1975. El procedimiento en los procesos penales siempre será de oficio y los agentes del Ministerio Público serán los funcionarios de instrucción, salvo los casos en que la Ley disponga otra cosa", Por su parte, el artículo 1976 del mismo Código, señala:
"Artículo 1976. La acción penal es pública y la ejerce el Estado por medio del Ministerio Público, salvo los casos señalados en este Código".

De las normas transcritas, se infieren dos funciones esenciales que están atribuidas al Ministerio Público en Panamá, en materia penal y que consisten en: 

La investigación o instrucción criminal, la cual ejercen los agentes de la institución, en calidad de funcionarios de instrucción. Esta función se ejerce, como se dijo, durante la fase del sumario del proceso penal, en la cual se despliegan las diligencias previstas en la Ley, con el objeto de determinar la existencia o no del delito, así como la verificación del grado de vinculación de los que estén relacionados con el ilícito denunciado. Como funcionarios de instrucción pueden llevar a cabo -por mandato de la Ley -diligencias de allanamiento; ordenar la recepción de la declaración indagatoria del imputado; ordenar la detención preventiva cuando se den los presupuestos fijados en la Ley. En los casos de delitos relacionados con drogas -para la cual existen o han sido creadas fiscalías especiales para la investigación de estos hechos ilícitos éstas Fiscalías con la autorización del Procurador General de la Nación, pueden ordenar la intercepción de llamadas telefónicas, practicar diligencias de entrega controlada de drogas, realizar operaciones encubiertas, así como en otros delitos que de acuerdo a la Ley tengan connotación de grave; todo ésto bajo la autorización del Procurador General de la Nación.

Como se observa, en esta etapa de instrucción sumarial se lleva a cabo la importante tarea de recabar los elementos de convicción -las pruebas ., con el objeto de determinar la existencia del delito, así como la determinación y vinculación de los implicados al acto ilícito. De manera, pues, que en esta etapa no se trata de decidir o enjuiciar la responsabilidad del presunto autor, sino de aportar al proceso cuantos datos, de toda clase, que puedan brindar información sobre el hecho delictivo y sus autores, así como de asegurar las responsabilidades de éstos. 

 La otra función se da cuando el Ministerio Público participa, como parte, en la fase del plenario, la cual se lleva a cabo ante el Órgano Judicial.
Dicho en otros términos, el Ministerio Público, a través de sus agentes, no sólo ejerce la función investigativa al instruir el sumario, sino también la acusadora, al corresponderle el ejercicio de la acción penal.

Cabe señalar que es a partir de 1941 que le ha sido reconocida a los agentes del Ministerio Público, la calidad de funcionarios de instrucción ya que antes de esta fecha, la misma era ejercida por jueces de instrucción, tal como lo indica el constitucionalista panameño, Dr. César Quintero, "la instrucción del sumario correspondía a los jueces ordinarios. Esto es, pues, una función de naturaleza judicial que, desde 1941, se ha atribuido a los agentes del Ministerio Público". (El Órgano Judicial y el Ministerio Público Panamá, 1970, p.153.)
Recientemente la facultad instructora de los agentes del Ministerio Público, fue cuestionada a través de una acción de inconstitucionalidad, al demandarse, ante el Pleno de la Corte Suprema de Justicia, la declaratoria de inconstitucionalidad de los artículos 1975 y 2007 del Código Judicial, ya que se consideraba, por parte del demandante, que éstos infringían el artículo 217 de la Constitución.

Al pronunciarse la Corte Suprema de Justicia sobre la demanda en referencia, señalaba que:
"... el constituyente fue previsor, al introducir en el citado artículo 217 de la Constitución el numeral 6, en donde concede al legislador la oportunidad de ampliar las atribuciones a aspectos no contemplados en los numerales anteriores. Por ello, si cuando en el numeral 4, al referirse expresamente a "perseguir los delitos y contravenciones de disposiciones constitucionales y legales", no se implicara la facultad de instruir la investigación, ese aparente vacío es aclarado por el legislador al dictar las normas cuya inconstitucionalidad se demanda". (Sentencia de 9 de junio de 1995).

Finalmente, la Corte Suprema de Justicia declaró que los artículos 1975 y 2007 del Código Judicial, no son inconstitucionales.